Apesar do seu nome, suas águas são da cor do chá preto, típica dos rios de águas negras. A cor escura vem do ácido húmico. Ao rio foi dado esse nome pois, à distância, sua cor realmente parece ser negra.

Muito já foi escrito sobre a produtividade do Rio Negro e de outros rios de águas negras. A ideia mais antiga de que esses eram “rios da fome” está dando espaço a, com pesquisas mais modernas, ao reconhecimento que o Rio Negro, por exemplo, é a base de uma grande indústria pesqueira e possui numerosas praias com tartarugas. Se os exploradores não encontraram muitos índios ao longo do Rio Negro durante o século 17, é muito mais provável que suas populações tenham sido reduzidas devido a novas doenças infecciosas e batalhas do que pela baixa produtividade do rio.

(A foz do Rio Negro no Encontro das Águas: o escuro Rio Negro encontrando-se com o marrom Rio Amazonas)

O Rio Negro possui um número muito alto de riqueza de espécies. Em torno de 700 espécies de peixes foram documentadas na bacia do rio, e estima-se que o total seja de 800 a 900 espécies, incluindo quase 100 endêmicas e várias espécies não descritas. Dentre estas estão várias importantes no mercado dos aquários domésticos, incluindo o tetra-cardeal (“peixe-neon”).